“正是这里，小智，从这边进去就可以见到我父亲的研究。我已经跟我父亲说好了，有 Yuko 小姐在入口处迎接你。”第二天早上，首先小智被交给研究所，然后他准备带着昨晚新结交的一群朋友去果园认识一些神秘的“朋友”。

　　“谢谢。”小智点头致谢后，独自离开了大部队。

　　经过一番警卫的身份验证后，小智来到研究所正门，在那里，Yuko 小姐果然已经在等候。

　　“昨天听拿下的说，没想到小智你这么年轻，竟然已经是研究员了。”Yuko 笑着将小智迎了进去。

　　“还好，我在真新镇橡树教授的研究所做过助手，后来想成为训练家，于是以研究员的名义开始了旅行。”

　　“你是橡树教授的助手？那可真是太厉害了！”Yuko 对小智的真实身份并不十分清楚。

　　“您好，伦达博士，小智来了。”Yuko 把小智带到会客室，“您可能还不知道，小智之前是橡树教授的助手，并不是普通的研究员。”

　　“橡树教授的助手？”伦达似乎突然明白了，“小智……不会吧，你难道是阿ash？”

　　“是的。”小智点点头笑道，“伦达博士，久仰大名。”

　　“想不到，原来传说中的阿ash竟然这么年轻，我读过很多你写的东西，真是太好了，真的太好了！”伦达笑着说。

　　“阿ash博士，难道说，小智也是……” Yuko 感到难以置信，想不到眼前这个十几岁的少年竟然是和伦达博士一样的博士！

　　“没错啊，他是最年轻的博士，学术界最耀眼的新星。”伦达叹了口气。

　　“过奖了。这次来，我有一些研究需要麻烦您。”小智拿出宏伟天平，“这个宝贝求证，我想请伦达博士验证一下，是否与您发现的陨石材料相同。”

　　“这……就是这个！”伦达惊讶地喊道，“这是依靠我丢失的东西！”

　　“丢失？”小智愣住了，“发生了什么事？”

　　“四年前我在极地考察时，偶然发现了一种从宇宙降落的新宝可梦，似乎是宇宙病毒变异产生的特殊个体，因此我给它命名为 Deoxys。我把 Deoxys 的一个晶体和一块陨石碎片带了回来，通过我的研究发现，Deoxys 的身体通过陨石因为不同的宇宙病毒作用，具有不同的性质。比如你手上的这个，是我最先提出来的陨石成分，非常坚固，很难穿透。可惜的是，我刚要分析具体成分，那块石头就被偷走了。”

　　“我是从柑橘群岛木博士那里拿到这个宝贝的，当时它被改造用来捕捉传说中的宝可梦之一，被我得到后，我让别人做了一个专门的重力球装备，目前它是一个体重超过一吨的宝可梦的携带物。”小智解释道。

　　“坚固的陨石……体重，对啊！不同陨石材料如果看作是不同宝贝球材料，的确可能会产生特别的效果。”伦达拍了一下自己的手掌，“不愧是小智。”

　　“那么……Deoxys 的晶体，我可以看看吗？”小智问道。

　　“当然可以。我们研究出，如果用电力控制激光照射，就能够让它恢复！”拿下的笑道，“这种宝可梦，生命力非常顽强。”

　　就在小智和伦达博士一起等待 Deoxys 的核心陨石时，实验室突然响起了警报！

　　“博士！警察局传来消息，Jun Sha 小姐通过监控捕获到了雷丘扎的身影！”Yuko 急忙跑来说。

　　“雷丘扎？”小智愣住了，“怎么会在这里？”

　　“小智也知道雷丘扎？不行……现在立刻去监控室！”伦达博士急忙和 Yuko、小智一起跑到监控室，最终通过视频倒查找到了雷丘扎出现的原因。

　　“Deoxys……它也来了，原来是因为它引来的雷丘扎……”伦达喃喃自语，“当时它被雷丘扎打败，落入极地深海，没想到真的完全复活了。”

　　“博士，拿下的现在在果园！”Yuko 忧心忡忡地喊道。

　　“我必须去把他带回来！”伦达博士急忙跑了出去，“大家都去避难！”

　　“我和您一起去！”小智跟了上去，“放心吧，不会有事的！”

　　两人一路跑出研究所，向果园跑去，但在路上，伦达博士被突然启动的传送装置直接带向了避难人群，与小智分开了。

　　“您放心，我会把拿下的救出来！我的朋友们也在那里！”小智跳上 Latias，直接飞向果园的方向。

　　此时，城市已经乱成一团。

　　大量立方体警卫机器人组成的巨大通道，渡轮、有轨电车和传送带不停地忙碌着，将一批又一批市民和游客送出城市避难。天空中雷丘扎的声音由远及近传来，城市里 Deoxys 不断四处游荡。

　　最后，雷丘扎降临！

　　“吼！”雷丘扎似乎对 Deoxys 存在相当愤怒，张开嘴是一道粗大的破坏光束。

　　Deoxys 双手抱在一起，变成了防御形态挡住了雷丘扎的攻击，然后一道无形的屏障突然打开，将整个城市笼罩其中。

　　雷丘扎在外部释放了几道破坏光束，但发现根本无法打破屏障，立即愤怒地咆哮起来。

　　外部没有干扰，Deoxys 在空中分裂出成百上千个色彩黯淡的分身，开始肆无忌惮地掠夺人类和宝可梦！

　　无论是人类、宝可梦，还是任何有电力设备，仿佛只要是有生命的物体，都被抓住了。

　　看到这一幕，小智的目光颤抖了一下，那是黑暗的影子吗？竟能变异到这种程度？

　　在这边的果园里，拿下的众人焦急地尝试用通行证开门，却发现控制系统已经完全瘫痪无法使用。

　　最后，是喷水龟的两个最强壮的同伴勉强将玻璃门推开，将大家放了出来。

　　然而出现在他们面前的是大欧凯希（理好）！

　　“糟糕……它想把我们抓走！”

　　“救命啊！”

　　喷水龟的两个同伴变成了躺在地上的俘虏，然后更多的分身扑向小瑶和拿下的。

　　“烟雾球！”

　　轰！

　　红色的宝可梦像喷气机一样落下，绕过小瑶面前所有的分身，将它们打得粉碎。

　　“盖朵儿，影球·手指枪！”

　　轰隆！

　　盖朵儿双手向上举起，巨大的影球轰击在天空中飞行的无数虚影，将果园上方的天空清出一大片空旷区域。

　　“小智！”小瑶惊讶地喊道。

　　“别怕，我回来了。”小智笑道，“Latias……留在外面吧。宝贝球已经不能用了。”

　　这时大家才发现，他们的宝贝球不知何时已经失去了控制，无法使用。

　　无法收回，也无法放出新的宝可梦，此时的训练家也不过是一群小孩而已！