在这场最后的战斗中，小智怀里抱着宝可梦皮卡丘，周围都是面目狰狞的宝可梦……这与当年在青石山上发生的事情相似。

　　只是，超梦比玛夏多强大得多。

　　小智原本以为这次一定会死，但超梦却大大地饶了他一命。

　　超梦残忍，尽管很想杀死小智，但皮卡丘毕竟是朋友，所以愿意放过他一次。然而，包括宗次和克洛斯在内的其他狩猎小队成员犯下了不可饶恕的罪行，超梦必须将他们全部带走！

　　就这样，小智又一次失败了，他的心已经失去了一切。联盟不会再宽恕他，这意味着母亲和爱人，从此以后他再也见不到。

　　在小智被迫重新收服皮卡丘流浪四方的时候，宝可梦对人类发起了全面反攻，不堪重负的联盟开始撤退，而且在主要城市设置壁垒，确保联盟高层的安全……至于那些付不起税的底层人民和边远地区的广大土地，就让他们自生自灭吧。

　　关东的壁垒设立在国际化大都市沙菲罗城，除了那里，关东其余地方几乎已经被宝可梦彻底攻破。

　　仍然对宝可梦怀恨在心的人类，同时也痛恨高层，但他们最痛恨的是那些依然带着宝可梦四处游荡、犹豫不决的人类叛徒！比如这个世界的小智，比如偷偷逃出城的，比如刚来到这个世界的小智。

　　成子是在一次偶然的机会下救了一只重伤濒死的喵喵，勉强救活后，人和喵喵开始了伙伴旅行。

　　从喵喵口中，成子也了解到了火箭队的一些情况。

　　超梦曾经突袭了火箭队总部，依靠诡计直接把火箭队打到解散。包括武藏小次郎在内的火箭队底层成员因为没有职业，不得不去做杀手、佣兵等黑暗活动。

　　武藏和小次郎后来性格大变，喵喵知道不能再待在他们身边，于是选择离开。

　　成子和喵喵去年遇到了一直在流浪的小智，并了解到小智和皮卡丘之间即将升级为仇恨的矛盾。

　　幸运的是，借助会说话的喵喵，小智最终向皮卡丘解释清楚前因后果，人宠之间的误会得以消除。

　　然而，听到小智讲述这些年所做的事情，成子觉得眼前的小智变得陌生。

　　小智不再是那个关心宝可梦、愿意为宝可梦付出一切的人，就像喵喵形容的火箭队一样，这个世界的小智彻底改变了。

　　因此，成子拒绝了小智再次一起旅行的提议，决定带着喵喵独自离开，寻找拯救世界的方法。

　　小智也和皮卡丘离开了，似乎他自己也有一些事情要做。

　　令人惊讶的是，宝可梦对人类的攻击似乎也开始放缓……超梦内部似乎发生了什么矛盾，导致原本准备彻底消灭人类的计划有所放缓。

　　但从整体来看，人类的生存空间仍在被逐步侵占。

　　这些事情成子并不关心，只是和喵喵在这个世界上挣扎，直到今天偶然遇到穿越而来的小智。

　　成子、喵喵以及之前魂精灵侦察到的情报，基本补充了小智从复制体呆在一起最早获得的一些消息。

　　宝可梦对人类的进攻放缓是因为小智和皮卡丘消除误会前，皮卡丘开始与超梦对抗，从而间接影响了超梦的行动。当时超梦应该刚刚决定利用呆在一起混入人类世界，因此主动减少对人类世界的进攻。

　　这样可以给呆在一起渗透人类世界的时间。

　　这与呆在一起在圣星诺豪顶上玩弄手法差不多，此时关东政府都集中在沙菲罗城，如果呆在一起能够大量渗透这座城的话，几乎不用费力就可以一举控制整个关东的上层名流和联盟官员！

　　其他联盟的情况也类似，紫薰城、幻影城等人类社会的残余防线，只要能够渗透，就可以一举掌控整个人类社会！

　　这也是小智一直不解的地方，超梦如果真的拥有地球上最强的力量，在这场逆战战争中占据绝对主动，为什么不直接建立一个完全由宝可梦控制的政权？

　　为什么需要通过提取梦幻基因制造呆在一起，再用这种有一定风险的方式渗透人类世界？

　　虽然最终可能会成功，但人类政权体系仍会被保留，这对它有什么好处？

　　难道超梦还想着让宝可梦反过来统治人类吗？

　　还有一些非常奇怪的事情，那就是宝可梦自身意识觉醒分为两个阶段，小智总感觉这不像环境突变引起的自然选择，更像是有人推动的结果。

　　的确，被驯养的宝可梦在见到血后更容易觉醒反抗意识，但后来能够对抗束缚球的发展绝对不正常！

　　最可疑的一点是，作为反抗军首领之一的皮卡丘为什么仍然不能反抗束缚球的束缚？

　　还有那些完全反抗成功并占领一方的宝可梦，比如青色的暴鲤龙、彩虹市的巨藤怪，还有肆虐的浅红市犬群，他们身上也存在一些疑虑。

　　为什么猎杀人类会让它们变得更强大？

　　到底是所有宝可梦都能通过猎杀人类变得更强，还是只有特定的宝可梦才会这样？

　　是它们自行决定的，还是背后有人统一指挥？

　　如果指挥它们的人也是超梦，那么超梦在利用呆在一起彻底渗透人类政权后，结果又会怎样？

　　总之，这个世界发生的一些事情和让小智感到困惑的疑点，几乎让他陷入自我封闭。

　　塞尔娜让小智来到这里解决超梦和呆在一起的问题，希望用解铃还需系铃人的方法让小智找回内心的平静……但现在看来，似乎适得其反。

　　不过他还是耐心地将这几年中比较可疑的时间节点梳理出来，准备借着时间齿轮的力量穿越回去，看看是否能对一些产生连锁反应的事情做出改变。

　　这是小智在这个特殊世界里获得的经验，可以通过改变过去的关键事件来影响未来。

　　小智来到这个世界，当然不可能一下子把剩下的宝可梦、人类、复制体呆在一起和超梦全部消灭……尽管现在他特别想这么做。

　　但这肯定与塞尔娜的期望不同。